Un banco genómico brasileño permitirá perfeccionar el diagnóstico de enfermedades genéticas

Los datos individuales ya se encuentran disponibles para la comunidad científica, mediante la solicitud de descarga, y los datos agrupados empezaron a estar accesibles en los últimos años en el Archivo Brasileño Digital de Mutaciones (ABraOM).

Los resultados obtenidos a través de los análisis realizados en el banco genómico aparecen descritos en un artículo publicado en la revista Nature Communications. Descubrimientos preliminares se publicaron en 2020 en la plataforma bioRxiv, en un artículo sin revisión por pares.

“Desde que los datos empezaron a quedar disponibles, se registraron diversos accesos al repositorio de investigadores de Brasil y del exterior. Esto muestra la importancia de esa iniciativa para la comunidad científica”, le dice a Agência FAPESP Mayana Zatz, docente del IB-USP y coordinadora del CEGH-CEL, un Centro de Investigación, Innovación y Difusión (CEPID) financiado por la FAPESP.

Este banco es el resultado de un estudio pionero de secuenciación de 1.171 genomas completos de ancianos brasileños, que constituyen la mayor cohorte de genomas de personas ancianas de América Latina.

Esta investigación, denominada inicialmente “Proyecto 80más”, se puso en marcha en el año 2008 con el objetivo de caracterizar el genoma de ancianos sanos desde el punto de vista físico y cognitivo, con la intención de dar origen a un banco de referencia genómica de la población brasileña y contribuir para develar los factores inherentes al envejecimiento sano.

Los ancianos tenían una edad promedio de 71 años y no estaban emparentados. Su selección estuvo a cargo de investigadores de la Facultad de Salud Pública de la USP en el marco del Proyecto Salud, Bienestar y Envejecimiento (Sabe), apoyado por la FAPESP.

El Sabe, que comenzó en 2000 y está coordinado por las profesoras Maria Lúcia Lebrão y Yeda Duarte, tiene el objetivo de trazar el perfil de las condiciones de vida y de salud de los ancianos que residen en la ciudad de São Paulo y en otros centros urbanos de Latinoamérica y el Caribe con base en entrevistas domiciliarias, evaluaciones y exámenes médicos. “Este estudio es representativo de la población anciana de São Paulo porque se basa en el censo del municipio, e incluye a personas de todos los niveles socioeconómicos”, sostiene Zatz.

Una población altamente mestiza

Las personas compusieron la población objetivo para la secuenciación del genoma porque ya han superado la edad de comienzo de la manifestación de una serie de enfermedades que surgen en la vejez, tales como el alzhéimer y el párkinson, entre otras.

El hecho de que vivan en São Paulo, la mayor metrópolis de Brasil, también hizo posible que representen la diversidad genética de la población brasileña, que es altamente mestiza, afirma Zatz. “São Paulo es la ciudad más mestiza de Brasil, pues congrega a descendientes de inmigrantes de distintos continentes, como Europa, Asia y África, aparte de personas nacidas en varios otros estados y países”, afirma la investigadora.

Esta alta diversidad genética de los ancianos paulistas participantes en el estudio permitirá rellenar la laguna de la baja representatividad de poblaciones altamente mestizas en los bancos genómicos internacionales, basados preponderantemente en la población europea, según apuntan los autores del estudio. Los investigadores identificaron por ejemplo alrededor de dos millones de variantes genéticas en los ancianos de São Paulo hasta ahora no descritas en los bancos de datos genómicos internacionales.

“Esto está relacionado con el hecho de que los bancos genómicos internacionales retratan más el genoma de referencia europeo. Es posible que esa cifra de dos millones de nuevas variantes genéticas que encontramos disminuya a medida que esos repositorios incluyan a poblaciones poco representadas como la brasileña”, estima Michel Naslavsky, docente del IB-USP y primer autor del estudio.

El aumento de la diversidad en los bancos genómicos internacionales también permitirá perfeccionar la precisión de los test genéticos para poblaciones altamente mestizas como la brasileña y de otros países de la Latinoamérica en general, sostienen los investigadores.

Análisis realizados en los genomas de los ancianos que integran el banco genómico brasileño revelaron que estos cargan variantes genéticas clasificadas en los bancos genómicos europeos como patogénicas, pero no manifiestan las enfermedades relacionadas con esas mutaciones, por ejemplo.

“Una de las hipótesis que estamos planteando al respecto es la de que las variantes genéticas hasta ahora clasificadas como patogénicas pueden expresarse de un modo diferente de acuerdo con el background genético de los individuos, como en los casos de los europeos o los mestizos”, dice Naslavsky.

Los investigadores también constataron que los ancianos brasileños son portadores de variantes asociadas a enfermedades recesivas comunes tanto en europeos como en africanos, como la fibrosis quística. La frecuencia de individuos heterocigotos −portadores de una variante recesiva– permite estimar la incidencia de estas enfermedades en la población.

“En el caso de la población brasileña, estimamos que la incidencia de la fibrosis quística es de un caso cada 10 mil nacimientos. Esta información es sumamente importante para la implementación de programas públicos de asesoría genética destinados a parejas en edad reproductiva en lo atinente a los riesgos de tener hijos con enfermedades genéticas graves”, afirma Zatz.

Mediante el análisis de los datos genómicos de los ancianos, también fue posible identificar nuevas variantes de genes del sistema inmunológico (HLA) que codifican proteínas importantes en la respuesta inmune, al permitir el reconocimiento de patógenos. De acuerdo con los investigadores, estos genes se conocen por ser los más variables y diversos de la especie humana, lo que vuelve difícil su análisis.

Mediante la aplicación de una técnica especializada en la descripción de esos genes, se encontraron más de 140 combinaciones nunca descritas. Estos hallazgos son importantes para la realización de estudios sobre susceptibilidad o resistencia a las infecciones causadas por diversos patógenos, el SARS-CoV-2 inclusive, subrayan.